As pesquisas desenvolvidas no Programa de Pós-Graduação em Agronomia, encontram-se organizadas em linhas de pesquisa, dentro de cada área de concentração, com os respectivos professores responsáveis. O Programa oferece oportunidades de pesquisa nas seguintes linhas:
1.1 - Manejo e produção agrícola.
1.2 - Morfogênese e caracterização bioquímica e molecular de plantas.
2.1 - Manejo de plantas daninhas e dinâmica de herbicidas no ambiente.
2.2 - Controle de doenças em plantas de interesse regional.
3.1 - Física e manejo do solo e da água.
3.2 - Química e fertilidade do solo e nutrição de plantas.